היחידה הקלינית של מרכז משאבים מעניקה טיפולים לילדים (מגיל 6), נוער ומבוגרים. היחידה מציעה טיפולים שונים ומותאמים לפי צורך: טיפול פסיכולוגי אישי, זוגי ומשפחתי, הדרכת הורים, טיפול קבוצתי, התערבויות פרטניות וקבוצתיות במצבי משבר וכן טיפול ממוקד קצר-מועד (כחצי שנה עד שנה). הטיפול מיועד למי שמתמודדים עם קושי כמו משבר כלשהו, חרדות, טראומה, מחלה או אובדן, התאוששות והסתגלות לאחר פרוצדורות רפואיות, מצבי לחץ, או קשיים בוויסות רגשי ותפקוד חברתי.