קרן שיבת ציון מפעילה מגוון מיזמי חינוך ברחבי הארץ, הכוללים כ-56 קבוצות לימוד לילדים אחר הצהריים, כוללים לאברכים וישיבות. הקרן תומכת במוסדות חינוך שונים כמו ישיבות, כוללי אברכים ומדרשיות לבנות, במטרה לחזק את החינוך היהודי ולטפח את הדור הבא. בין השנים 2018-2022 השקיעה הקרן כ-2.25 מיליון ₪ במיזמי חינוך, עם תקציב נוסף של 660,000 ₪ לשנת 2023.