היחידה הקלינית של מרכז משאבים מספקת שירותי טיפול רגשי מקצועיים לילדים (מגיל 6), נוער ומבוגרים המתגוררים בקו העימות הצפוני של מדינת ישראל. השירות מציע מגוון רחב של טיפולים מותאמים אישית, כולל טיפול פסיכולוגי פרטני, זוגי ומשפחתי, הדרכת הורים וטיפול קבוצתי. היחידה מתמחה בטיפול בחרדות, טראומה, דיכאון, OCD, התמודדות עם מצבי משבר ולחץ, קשיי ויסות רגשי ותפקוד חברתי. הטיפולים ניתנים על ידי צוות מקצועי מוסמך, עם אפשרות לטיפול ממוקד קצר מועד של חצי שנה עד שנה.